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微孔濾膜及一次性微生物極限過濾器與濾頭銜接，確保微孔濾膜無缺。將事前準備好的供試液注入濾杯內，不要操過濾杯刻度。按下“power”鍵，再翻開相應的閥門，再按下“power”鍵，完結集菌過濾待供試液悉數過濾完結后，關閉相應的閥門，再按下“power”鍵，完結集菌過濾。
抽濾前，應確保管道密封性杰出。運用一次性微生物極限過濾器，翻開無菌包裝前，先查看包裝是否破損。添加供試液時的液體高度不能超過濾杯刻度。微生物極限儀隨時留意抽濾瓶狀況，液體不能吞沒進氣口。能夠依據實際狀況挑選抽濾瓶的容積。若無菌室選用化學劑消毒時，將儀器置密封罩內，或搬出無菌室，避免損壞電子部件腐蝕金屬部件。環境溫度控制在10℃～30℃。相對濕度≤80%RH無水珠凝聚現象。每次運用完畢后，儀器外表用酒精擦洗。
維護保養操作規程：將過濾器取下，按住取膜設備，用無菌鑷子取下微孔濾膜。微孔濾膜菌面朝上，平貼在事前準備好的培養基上，微孔濾膜上不得有氣泡（氣泡處會影響微生物的成長）。將培養皿轉移至規則溫度條件下的恒溫培養箱中進行培養。微生物極限儀操作完畢后，堵截電源。
主機外表用酒精擦洗潔凈。保護及保養儀器有必要有用接地。依據供試品性狀來挑選濾膜原料，過濾前后應確保濾膜的完整性。儀器不工作時，斷開電源。儀器待機時，將電磁閥關閉，設置為“off”狀況。不能抽濾強酸?強堿?強氧化劑?強腐蝕等液體。當供試品中含有不溶性的顆粒，懸浮物時，可能導致濾膜阻塞影響過濾，應將供試液進行預處理，出去顆粒或懸浮物。