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分子蒸餾作為一種特殊的液體分離技術，不同于傳統蒸餾沸點差的分離原理，它靠不同物質分子運動平均自由程的差別實現分離。即當液體混合物沿加熱板流動并被加熱，分子會逸出液面而進入氣相，由于不同分子的自由程不同，因此不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，輕分子達到冷凝板排出，而重分子沿混合液排出。這樣就達到了物質分離的目的。
 　　分子蒸餾儀原理：
 　　分子蒸餾是一種在高真空下操作的蒸餾方法，由于蒸氣分子的平均自由程大于蒸發表面與冷凝表面間的距離，因此可利用各組分蒸發速率的差異對液體混合物進行分離。
 　　分子蒸餾操作注意事項：
 　　1、分子蒸餾裝置需要嚴格控制各效分離器的液面，使其處于使用要求的位置。
 　　2、在分子蒸餾裝置容易析出結晶的物料時，易發生管路、板式蒸發器、閥門等的堵塞現象，需用真空抽位或者定期用水沖洗保持暢通。
 　　3、經常調校分子蒸餾裝置儀表使其靈敏可靠。若發現儀表失靈，要及時處理。
 　　4、分子蒸餾裝置需要經常對設備、管路進行嚴格檢查，是視鏡玻璃要適時更換，以防因腐蝕造成事故。
 　　5、檢修設備前要泄壓泄料，并用水沖洗降溫，去除設備內殘存的腐蝕性液體。
 　　6、操作人員應穿戴好防護衣物，避免高溫液體及蒸汽造成人身傷害。